Το εκπαιδευτικό πρόγραμμα «Μήτηρ Θεού, μήτηρ ανθρώπων» αναφέρεται στο πρόσωπο που έχει τη σημαντικότερη θέση στο σχέδιο του Θεού για τη σωτηρία του κόσμου, αλλά και στη γυναίκα που αποτελεί αφετηρία μιας νέας θεώρησης του γυναικείου φύλου, την Παναγία. Γίνεται μια προσέγγιση του ρόλου της Θεοτόκου στο σχέδιο της Θείας Οικονομίας αλλά και εντοπίζονται οι σχέσεις του γυναικείου προσώπου που μετέχει στο σχέδιο του Θεού με γυναικείες θεότητες του αρχαίου κόσμου. Ιδιαίτερη έμφαση δίνεται με αφορμή εκθέματα του μουσείου στο ότι η Παναγία δεν ενσαρκώνει τη δύναμη ή τη γονιμότητα αλλά σε αυτήν τονίζεται η μητρική αγάπη, η γυναικεία σύνεση και η αξία του γυναικείου προσώπου.
Φάσεις εκπαιδευτικού προγράμματος
Φάση 1η
Υποδοχή των μαθητών στο Μουσείο. Εισαγωγή στο θέμα. Καταιγισμός ιδεών.
Φάση 2η
Οι μαθητές πληροφορούνται σχετικά με το θέμα με τη χρήση εποπτικών μέσων (προβολέας, Η/Υ, ψηφιακός δίσκος)
Φάση 3η
Ακολουθεί ξενάγηση στις αίθουσες που έχουν επιλεγεί για το συγκεκριμένο πρόγραμμα με βάση το αναλυτικό πρόγραμμα του σχολείου και τα ενδιαφέροντα των μαθητών.
Φάση 4η
Οι μαθητές χωρίζονται σε ομάδες και συμμετέχουν σε εκπαιδευτικές δραστηριότητες.
Φάση 5η
Το Πρόγραμμα ολοκληρώνεται με την κοινή σύναξη των μαθητών στην κεντρική αίθουσα του Μουσείου, για την παρουσίαση των εργασιών και την συνολική αξιολόγηση του Εκπαιδευτικού Προγράμματος