Ο σεβαστοκράτορας Ισαάκιος Κομνηνός, όπως έκαναν η μητέρα του Ειρήνη Δούκαινα και ο αδελφός του Ιωάννης, συντάσσει κι αυτός Τυπικό της μονής που έκτισε στη Βήρα, κανονίζοντας με κάθε δυνατή λεπτομέρεια όλη την εσωτερική ζωή και δραστηριότητα των μοναχών της.
Το κείμενο του Τυπικού, το οποίο σε γενικές γραμμές ακολουθεί το Τυπικό της Μονής της Ευεργέτιδος στην Κωνσταντινούπολη, μας αποκαλύπτει μια ποιητική διάσταση της προσωπικότητος του Ισαακίου και συγχρόνως φιλοσοφική. Πίσω από τον πολιτικό, διπλωμάτη και στρατηγό, κρύβεται ένας καλλιτέχνης που η αισθητική του έκφραση αναζητά διαρκώς την αρμονία σε πρόσωπα και πράγματα, χωρίς να λησμονεί την πραγματικότητα της ζωής. "Ικανός και στρατηγείν άμα και επιστατείν ποιήμασι και φιλοσοφείν". Ο Ισαάκιος στο Τυπικό του ανακήρυσσε την Μονή "ολότελα ελεύθερη, αυτοδέσποτη, ιδιοδέσποτη", χωρίς να υπάγεται σε καμία εξουσία, είτε βασιλική είτε πατριαρχική, αλλά και χωρίς να ορίζει κανένα Έφορό της απ’ τη γενιά του και τους κληρονόμους του. Το μοναστήρι έγινε κοινόβιο και έπρεπε οι μοναχοί να τρώνε σε τράπεζα όλοι μαζί το ίδιο φαγητό, να πίνουν το ίδιο κρασί, να φορούν τα ίδια ρούχα και παπούτσια, χωρίς εξαίρεση ούτε για τον ηγούμενο, μόνο για τους αρρώστους μοναχούς μπορούσε να κανονιστεί μια ιδιαίτερη δίαιτα.
Ο αριθμός των μοναχών οριζόταν σε πενήντα για την υμνωδία και εικοσιτέσσερεις ακόμα, για τα διάφορα διακονήματα της Μονής, συνολικά σε 74. Δεν τον ενδιαφέρει τόσο ο αριθμός των μοναχών, όσο η θεάρεστη πολιτεία των ολίγων. Αυστηρός και έμπειρος ο σεβαστοκράτορας, όριζε πως οι μοναχοί δεν έπρεπε να είναι ευνούχοι, αλλά άνδρες όχι κάτω των 30 χρόνων. Μια εξαίρεση μπορούσε να γίνει για τους συγγενείς των ήδη μοναχών, που επέτρεπε να είναι κάτω των 30 αλλά άνω των 26 χρόνων. Νέοι κάτω των 24 ετών δεν έπρεπε να αναστρέφονται στο μοναστήρι έστω κι αν ήταν συγγενείς του ηγούμενου ή των μοναχών. Σε κάθε κελλί θα έμεναν δύο μοναχοί, για ορισμένους όμως μπορούσε να διατάξει ο ηγούμενος να μείνουν ένας - ένας.
Ενώ ο Ισαάκιος όριζε να γίνεται κάθε μέρα άφθονη διανομή αγαθών στον πυλώνα της Μονής, απαγόρευσε να γίνεται αυτό και στις γυναίκες. "Όχι, γράφει, γιατί μισούμε το γυναικείο φύλο, κάθε άλλο, αλλά γιατί θέλουμε να απομακρύνουμε τη διαφαινόμενη βλάβη των μοναχών απ’ την προσέλευση των γυναικών". Διανομή αγαθών και στις γυναίκες επιτρεπόταν μόνο κατά την πανήγυρη του Μοναστηριού στην επέτειο της Κοιμήσεως της Θεοτόκου και κατά την επέτειο του μνημοσύνου του, καθώς όριζε ο Ισαάκιος. Επίσης απαγόρευσε να μπαίνουν στο μοναστήρι γυναίκες εκτός από τις ημέρες των γιορτών της Κοιμήσεως, του Ευαγγελισμού και της Γεννήσεως της Θεοτόκου, οπότε μπορούσαν να πάνε να προσκυνήσουν στο ναό.
Ο ηγούμενος της μονής έπρεπε να εκλέγεται από όλη την αδελφότητα, να χειροτονείται από τον μητροπολίτη Τραϊανουπόλεως και να παύεται απ’ αυτόν όταν υπήρχαν καταγγελίες των μοναχών για συγκεκριμένα λάθη του. Θα ήταν συγχρόνως και ο πνευματικός της Μονής αλλά θα όριζε επίσης κι άλλους μοναχούς "επιτηδείους στο να δέχονται λογισμούς". Γενικά ο ηγούμενος ήταν πανίσχυρος μέσα στο μοναστήρι καθώς μάλιστα δεν υπήρχε και Έφορος της Μονής. Είχε δικαίωμα να έχει πλοιάρια στη Μαρίτζα, ικανά για αλιεία αλλά και χρήσιμα για να μεταφέρονται οι μοναχοί στην Αίνο.
Για το νοσοκομείο στον περίβολο της Μονής, δυναμικότητος 36 κλινών, όριζε στο Τυπικό του ο Ισαάκιος να υπάρχει ένας γιατρός που μένει μέσα στη Μονή και ένας κληρικός που να λειτουργεί στο ιδιαίτερο ναΐδιο του χώρου για τους ασθενείς. Συγκινητική είναι η προτροπή του ιδρυτή, να προσέχουν οι αρμόδιοιώστε να μη μένει "ούτε μια ώρα άδειο ένα κρεβάτι που κάποιος δυστυχισμένος με αγωνία ζητούσε να καταλάβει".
Ο σεβαστοκράτορας προικοδότησε το μοναστήρι της Βήρας με τα απέραντα κτήματα από γονική κληροδοσία που είχε στην Αίνο και όρισε και κείνα, από όσα είχε παραχωρήσει στους αυλικούς του, να περιέρχονται μετά το θάνατό τους στην αγαπημένη του Κοσμοσώτειρα. Επίσης παραχώρησε στο μοναστήρι ως μετόχι, το ναό του Αγ. Στεφάνου του Αυρηλιανού με τα κτίσματά του, που βρίσκονται κάτω από την κυριαρχία του σεβαστοκράτορα στην Κωνσταντινούπολη. Τρεις μοναχοί της Κοσμοσώτειρας έπρεπε να μένουν στον Αγ. Στέφανο για τη θρησκευτική υπηρεσία του ναού αλλά και για να φιλοξενούν τους αδελφούς τους της Βήρας, όταν θα έρχονται για υποθέσεις της Μονής στην Βασιλεύουσα. Ακόμη, με ιδιαίτερο χρυσόβουλο κληροδοτεί στη Μονή της Βήρας και ιδιόκτητα πλοία, που μπορούσαν να προσορμίζονται στο λιμάνι της Μονής Βήρας, ίσως σε κάποιο από τα ανοίγματα του Έβρου με το δέλτα προς το θρακικό πέλαγος.
O σεβαστοκράτορας ως κτήτορας, έχει την απαίτηση και ζητάει από τους μοναχούς να τον μνημονεύουν κάθε μέρα στις προσευχές τους για να συγχωρέσει ο Θεός τις πολλές αμαρτίες του. "Ω Θεού μήτερ και δέσποινα, ρύσαις τον προσελθόντα σοι δούλον σου και κτήτορα Ισαάκιον τη προς τον σον υιόν μεσιτεία σου της μελλούσης κολάσεως, εγκολπωσαμένη τούτον ταις αχράντοις ωλέναις σου". Όπως και με αυστηρότητα αξίωνε από τους μοναχούς και τους κατά καιρόν ηγουμένους να μη τολμήσουν ποτέ να απεικονίσουν την μορφή του, είτε μέσα στο μοναστήρι είτε έξω, προσθέτοντας πως θα τον έχουν αντίδικο στη μέλλουσα κρίση, αν κάνουν κάτι τέτοιο.
