Ο πορφυρογέννητος Ισαάκιος Κομνηνός γεννήθηκε το 1093 μ.Χ. Από τον πατέρα του Αλέξιο έλαβε τον τίτλο του "καίσαρα". Ο Ισαάκιος υπήρξε χωρίς αμφιβολία μια από τις πιό ενδιαφέρουσες και πολύπλευρες προσωπικότητες της οικογενείας των Κομνηνών. Επιδέξιος στρατηγός αλλά και άνθρωπος των γραμμάτων και της τέχνης ασχολήθηκε εντατικά με την ποίηση, τη θεολογία, και τη φιλοσοφία, αλλά και με μακρόπνοα εκκλησιαστικά και κοινωφελή έργα. Έτσι ο Θεόδωρος Πρόδρομος τον αποκαλεί, ανάμεσα σε άλλα, ικανό «...και στρατηγείν άμα και επιστατείν ποιήμασι και φιλοσοφείν».
Μετά τον θάνατο του πατέρα του, το 1118, στη διαμάχη που ξέσπασε ανάμεσα στην πρωτότοκη, γνωστή ιστοριογράφο, Άννα και τον τριτότοκο Ιωάννη, ο Ισαάκιος τάχθηκε με το μέρος του αδελφού του. Γι’ αυτό ο Ιωάννης μετά την αναγόρευση του, τον προήγαγε σε "σεβαστοκράτορα". Η συνεργασία και η αγάπη των δύο αδελφών δεν κράτησε πολύ. Το 1123 και πριν ακόμα από το θάνατο της μητέρας του Ειρήνης, ο Ισαάκιος, σε ηλικία 30 ετών, άνδρας ψηλός, μεγαλόπρεπος και τολμηρός· καθώς ήταν "ερωτευμένος με τη βασιλεία και τον έτρωγε η επιθυμία να περιβληθεί το στέμμα", οργάνωσε συνωμοσία ενάντια στον αδελφό του, ο οποίος έλειπε σε εκστρατεία κατά των Τούρκων και απέβλεπε στην κατάληψη του θρόνου. Η συνωμοσία αποκαλύφθηκε, ο Ιωάννης Β' αναβάλλοντας τις επιχειρήσεις επέστρεψε, ενώ ο Ισαάκιος για να μην συλληφθεί, διέφυγε.
Τα επόμενα δεκαπέντε χρόνια τα πέρασε πλάνητας στην Ανατολή, ανάμεσα στον εμίρη της Καππαδοκίας, στον δούκα της Τραπεζούντας, στον σουλτάνο του Ικονίου, στον πρίγκιπα της αρμενικής Κιλικίας και στον λατίνο βασιλιά της Ιερουσαλήμ, προσπαθώντας με την βοήθεια όλων αυτών να ανατρέψει τον αδελφό του Ιωάννη και να περιβληθεί ο ίδιος την πορφύρα. Μόνο μετά τις σημαντικές νίκες του Ιωάννη Β' στη Μικρά Ασία το 1138, απογοητευμένος από τις άκαρπες προσπάθειες του, ζήτησε τη συμφιλίωση με τον Ιωάννη και ο ανεξίκακος αδελφός του με μεγάλη ευχαρίστηση και ανοιχτόκαρδα τον δέχτηκε στην Κωνσταντινούπολη μαζί με το γιο του. Τον επόμενο κιόλας χρόνο μπλέχτηκε πάλι σε μηχανορραφίες για την κατάληψη του θρόνου, με αποτέλεσμα να εξοριστεί το 1140 στην Ηράκλεια του Πόντου.
Μετά τον αιφνίδιο θάνατο του αδελφού του αυτοκράτορα Ιωάννη Β' το 1143, τον θρόνο κατέλαβε ο ανεψιός του Μανουήλ Γ', αφήνοντας για μια ακόμα φορά τις φιλοδοξίες και τα όνειρα του Ισαακίου ανεκπλήρωτα. Ο Μανουήλ συγχώρεσε τον θείο του, τον απάλλαξε από την εξορία και τον κράτησε κοντά του με τον ίδιο τίτλο του σεβαστοκράτορα και μάλιστα τον πήρε μαζί του στη πρώτη του εκστρατεία εναντίον των Σελτζούκων. Κατά τη διάρκεια της εκστρατείας η στάση του Ισαακίου στο νέο αυτοκράτορα και ανεψιό του δεν ήταν ολότελα φωτισμένη. Όταν από λάθος διαδόθηκε ότι ο Μανουήλ σκοτώθηκε, ο Ισαάκιος έσπευσε να αυτοανακηρυχθεί αυτοκράτωρ. Μόνο μετά το 1150, ίσως με την εμφάνιση των πρώτων συμπτωμάτων κάποιας αρρώστιας του, σε ηλικία 50 ετών, κόπασε αυτή η φιλαρχία του.
Το 1151/2 κατά το παράδειγμα των γονέων του και του αδελφού του, ο Ισαάκιος αποφασίζει να ιδρύσει ένα πρότυπο μοναστήρι. Η υγεία του είναι πιά κλονισμένη, αναλογίζεται τον θάνατο που πλησιάζει, αναπολεί την ζωή του και την πολιτική του δράση συνυφασμένη με συνεχείς συνωμοσίες και παράνομες πράξεις κι αποφασίζει να αναπτύξει τις πνευματικές του δραστηριότητες και να μεριμνήσει για την σωτηρία της ψυχής του. "...αλλ’ ώσπερ διατελέσας τον παρελθόντα του βίου μου δίαυλον οία περ άγονον και αναίσθητον βλάστημα, οψέποτε μόγις της μακράς αμυδρώς και χειρίστης συνήθειας ανένευσα ως εκκάρου βαθέος της αγνωσίας... προς κουφισμον τινά και συγχώρησιν των απείρων απειράκις αμαρτημάτων μου... ιερόν της θεομήτορος εκαίνισα συν Θεώ φροντιστήριον...".
Πέρα από την καθαρά εκκλησιαστική σημασία της πράξεως αυτής, η ίδρυση της Κοσμοσώτειρας στο συγκεκριμένο τόπο είχε συγχρόνως και πολιτικοοικονομικό και στρατιωτικό χαρακτήρα. Η θέση της Βήρας δίπλα στην Εγνατία οδό και κοντά στην κορυφή του δέλτα του Έβρου διαλέχτηκε ακριβώς για τους λόγους αυτούς. Στην απέναντι κωμόπολη Κύψελα (σημ. Ipsala της Τουρκίας) κατέληγε η Εγνατία που ξεκινούσε από το Δυρράχιο της Ηπείρου και ένωνε την Ανατολή με την Δύση. Στο δέλτα κατέληγε η οδός που έφερνε τα εμπορεύματα από την Κωνσταντινούπολη μέχρι την Αδριανούπολη και από εκεί μέσο της κοίτης του ποταμού κατέληγαν στο Αιγαίο. Έτσι στα βόρεια και δυτικά υψώματα που δεσπόζουν αυτής της περιοχής και της εύφορης νότιας πεδιάδας, έρχεται ο Ισαάκιος και χτίζει μια οχυρωμένη Μονή. Γύρω από την Μονή σχεδιάζει αμέσως και ένα οικισμό, όπου συγκεντρώνονται οι κάτοικοι των γύρω χωριών. Ο σεβαστοκράτορας δαπάνησε για τα κύρια κτίσματά της Μονής σχεδόν ολόκληρη την κινητή και ακίνητη περιουσία του. Ο ίδιος προσωπικά, αν και βαριά άρρωστος, ακουμπισμένος στο ραβδί του, πήγαινε και παρακολουθούσε τις εργασίες της οικοδόμησης με κάθε λεπτομέρεια.
Πέθανε λίγο μετά το 1152, αφού ολοκλήρωσε και συγγραφή του Τυπικού της Mονής της Βήρας. Στην Κωνσταντινούπολη είχε προετοιμάσει, στο νάρθηκα του ναού της Mονής Χώρας, ένα πολυτελή τύμβο για να δεχτεί το σκήνωμά του, αλλά τελικά άλλαξε γνώμη και προτίμησε να ταφεί στην Κοσμοσώτειρα, στη Βήρα, μακριά από τη Βασιλεύουσα, όπως η περιπετειώδης ζωή του τον κράτησε μακριά της όσο ζούσε. Γι’ αυτό μετέφερε τον τύμβο στη Mονή της Κοσμοσώτηρας στη Βήρα, όπου και πραγματικά τάφηκε στο αριστερό μέρος του νάρθηκά της. Πάνω από τον τάφο του τοποθετήθηκε η εξής επιγραφή, πιθανώς συνταχθείσα από τον ίδιο, που φυλάσσεται σήμερα στο Εκκλησιαστικό Μουσείο Αλεξανδρουπόλεως:
"Αίσθησιν εμπικραίνων ή και καρδιαν αλλ’ ω βραβευτά των καλών των ενθάδε και πάλιν αυτά λαμβάνων επάν θέλης ως στάχυν, ως μάργαρoν, ως γλυκύ μέλι ταις αποθήκαις τούτον θησαυρίσαις ως ευθαλές τι δένδρον εις τρύφης πεδον καφυτεύσαις σον λάτριν τον δεσπότην".
Μετάφραση: "Εσύ που πικραίνεις κάθε αίσθηση αλλά και την καρδιά, που βραβεύεις τις καλές πράξεις αυτού του κόσμου, και τις υπολογίζεις όπως θέλεις, σαν στάχυ, σαν μαργαριτάρι, σαν γλυκό μέλι, αποθησαύρισε στη βασιλεία σου, σαν ανθισμένο δένδρο σε ευφρόσυνη κοιλάδα και φύτευσε εκεί αυτόν τον άρχοντα που σε λάτρευσε".
Σήμερα ο νάρθηκας του καθολικού με τον τάφο δεν υπάρχουν παρά μόνο η ως άνω πλάκα.
Τριάντα χρόνια μετά το θάνατο του σεβαστοκράτορα Ισαάκιου Κομνηνού, ο γιος του Ανδρόνικος Κομνηνός έγινε αυτοκράτορας στην Κωνσταντινούπολη. Αμέσως το 1183 ήρθε στη Θράκη, "τα Κύψελα καταλαμβάνει και τοις εκείσε κυνηγεσίαις ενευφρανθείς, κατά την πατρώαν αφικνείται Mονήν την εν Βήρα διακειμένην και τω του φυσάντος εφίσταται μνήματι".
