Η ιστορία της Μονής της Παναγίας Κοσμοσώτειρας, της βυζαντινής κωμοπόλεως Βήρας, οπότε και της σημερινής πόλεως των Φερών, αρχίζει όταν το έκτο παιδί και τριτότοκος γιός του αυτοκράτορα Αλεξίου Α' του Κομνηνού και της Ειρήνης Δούκαινας, ο πορφυρογέννητος Ισαάκιος Κομνηνός, σε ηλικία 59 ετών, ήρθε "περί τα χείλη του ποταμού" Έβρου και σε τόπο έρημο "ανθρώπων και οικημάτων" καθίδρυσε "το της Κοσμοσωτείρας και Θεομήτορος φροντιστήριον, ανδρών μοναζόντων".
Ήταν το έτος 6.660 από κτίσεως κόσμου κατά την 15η Ινδικτιώνα, δηλαδή από 1ης Σεπτεμβρίου 1151 μέχρι 31ης Αυγούστου 1152 μετά Χριστόν.
Με εμπειρία κτήτορος, αφού σε νεαρότερη ηλικία είχε ανακαινίσει ριζικά την Μονή της Χώρας και τον Ναό του Αγίου Στεφάνου του Αυρηλιανού στην Κωνσταντινούπολη, έρχεται κοντά στις εκβολές του Έβρου τον οποίο ονομάζει Μαρίτζα, και στον τόπο αυτό που ήταν γεμάτος φίδια και σκορπιούς και που λεγόταν βηρός, δηλαδή βαλτόνερα, οικοδομεί με βαθιά ευλάβεια ένα ολόκληρο οχυρωμένο μοναστηριακό συγκρότημα, το οποίο παίρνει από την περιοχή το όνομά του: "Μονή της Βήρας, Παναγία η Κοσμοσώτειρα".
Το μοναστηριακό συγκρότημα ήταν το φιλόδοξο εγχείρημα ενός ηγεμόνα, μέλους της αυτοκρατορικής οικογένειας και προδίδει άπλετα την πληθωρική προσωπικότητα του επιδέξιου στρατηγού, ποιητού, φιλόσοφου, θεολόγου και μαθηματικού κτήτορά του. Περιλαμβάνει το κεντρικό καθολικό αφιερωμένο στη Κοσμοσώτειρα Θεομήτορα με περιμετρικές πτέρυγες κελλιών, περίπου 40 για τους μοναχούς.
Οι κεντρικές αυτές εγκαταστάσεις περικλείονται με ένα τοίχος που στην νοτιοδυτική γωνία του έχει πύργο για τα σήμαντρα. Σήμερα διατηρείται καλύτερα αυτός ο πύργος, ύψους 8 μέτρων τετράγωνος εξωτερικά και κυκλικός εσωτερικά. Στην εσωτερική αυλή υπήρχαν και άλλα κτίρια ακόμα η τράπεζα των μοναχών, το σκευοφυλάκιο, το βεστιάριο και το συγκρότημα των λουτρών. Τρείς πύλες οδηγούσαν στην δεύτερη, την εσωτερική αυλή που ήταν και εκείνη τειχισμένη με περίφραξη. Η κύρια πύλη βρισκόταν βόρεια, μία ήταν στα ανατολικά και μία στα δυτικά. Από την ανατολική πύλη μπορούσαν να μπαίνουν στην Μονή και οι γυναίκες, μα μόνο στον εξωτερικό αυλόγυρο και μόνο τρεις φορές τον χρόνο. Εκεί στον εξωτερικό περίβολο υπήρχαν, σε θέση που παραμένει ασαφής σε μας, δεύτερος ναός αφιερωμένος στον Άγιο Προκόπιο, βιβλιοθήκη, σκευοφυλάκιο, βεστιάριο, ξενώνας, λουτρά, δεσποτικό διαμέρισμα, και κάποια ακόμη διαμερίσματα για φιλοξενία επισήμων. Όμως το κυριότερο κτίσμα του εξωτερικού περιβόλου ήταν το γηροκομείο ή νοσοκομείο. Ακόμη, υπήρχαν εδώ οι στάβλοι, τα εργαστήρια και οι μεγάλες αποθήκες. Πιο πέρα από τον εξωτερικό περίβολο βρισκόταν, με δική του περίφραξη και παρεκκλήσιο, το νεκροταφείο των μοναχών.
Βορειοδυτικά της Μονής και σε άμεση σχέση μ’ αυτήν ήταν το υδραγωγείο, έργο το οποίο έγινε "με πολύ ιδρώτα και δαπανώντας πολλά νομίσματα". Η κατασκευή του υδραγωγείου εξασφάλιζε νερό για τη στέρνα η οποία τροφοδοτούσε την κρήνη της Μονής αλλά και εκείνη του οικισμού. Σήμερα, κάθετα επάνω στον χείμαρρο με το βυζαντινό όνομα Σαμία, διατηρούνται δυο ακέραιες καμάρες και μία μισή, απομεινάρια του μεγάλου εκείνου έργου. Το πλάτος του υδραγωγείου είναι 1,30 μ., τα δε τόξα του είναι χτισμένα με ζωηρούς κόκκινους πλίνθους, έχουν άνοιγμα 7 μ. και ύψος 5 μ. και παρουσιάζουν στην κορυφή τους ελαφριά θλάση όπως τα αραβικά. Η μεταξύ των τόξων τοιχοποιία είναι με επιμέλεια κατασκευασμένη από κανονικούς πωρόλιθους με πλίνθους να παρεμβάλλονται στους οριζόντιους αρμούς.
