Από τότε (1922-23) και μέχρι σήμερα ο Ναός παρέμενε κλειστός και οι φθορές του χρόνου και της αχρησίας ήταν πολλές και μεγάλες και γι’ αυτό ο Δήμαρχος της Μακράς Γέφυρας σε συνεργασία και με τον Οικουμενικό μας Πατριάρχη κ. Βαρθολομαίο ανέλαβε την πλήρη ανακαίνισή του που πλέον θα χρησιμοποιείται ως μουσείο.
Τον Αγιασμό στον ανακαινισμένο Ναό του Αγίου Ιωάννου του Προδρόμου τέλεσε το μεσημέρι του Σαββάτου 11 Μαΐου ο Οικουμενικός Πατριάρχης κ. Βαρθολομαίος, συμπαραστατούμενος και από τον Μητροπολίτη Διδυμοτείχου, Ορεστιάδος και Σουφλίου κ. Δαμασκηνό. Ο Μητροπολίτης μας κ. Άνθιμος, αδυνατών να παραστεί καθώς βρισκόταν στην Σαμοθράκη για την πανήγυρη των Αγίων Πέντε Νεομαρτύρων, απέστειλε ως εκπρόσωπό του τον Πρωτοσύγκελλο της Μητροπόλεως π. Ειρηναίο Λαφτσή και κληρικούς και λαϊκούς συνεργάτες του οι οποίοι παρέδωσαν ως δώρα στον Ιερό Ναό, αντίγραφα των πρωτοτύπων εικόνων του Αγίου Νικολάου και της Κοιμήσεως της Θεοτόκου που ανήκαν στον Ναό του Αγίου Ιωάννου, μεταφέρθηκαν και διεσώθησαν από τους πρόσφυγες χριστιανούς κατά το 1922-23 και πλέον φυλάσσονται στον Ναό της Παναγίας Κοσμοσώτηρας στις Φέρες.
Ο Ναός μέσα και έξω ήταν κατάμεστος από εκατοντάδες προσκυνητές από όλο τον Έβρο, ορισμένοι εκ των οποίων κατάγονταν από την περιοχή, αλλά και από άλλες πόλεις της βορείου Ελλάδος, αλλά και από γηγενείς Τούρκους οι οποίοι παρακολούθησαν όλες τις τελετές.
Προηγήθηκε υπαίθρια εκδήλωση μπροστά από τον Ιερό Ναό κατά την οποίαν ο δήμαρχος της πόλη καλωσόρισε τον Οικουμενικό Πατριάρχη κ. Βαρθολομαίο, τον Μητροπολίτη Διδυμοτείχου, το Νομάρχη Αδριανουπόλεως, τον Γενικό Πρόξενο της Ελλάδος στην Κωνσταντινούπολη κ. Νικόλαο Ματθιουδάκη, την Πρόξενο της Ελλάδος στην Αδριανούπολη κ. Αικατερίνη Βαρβαρήγου, βουλευτές-εκπροσώπους του Λαϊκού Κόμματος, και τους εκατοντάδες προσκυνητές από την Ελλάδα αλλά και τους κατοίκους της πόλης, μιλώντας για τη σημασία και τις δυνατότητες της φίλιας των δύο γειτονικών λαών. Ακολούθησε αντιφώνηση του Οικουμενικού Πατριάρχου στα τουρκικά και στα ελληνικά καθώς και του Νομάρχου Αδριανουπόλεως ενώ συγκροτήματα από την Τουρκία και την Ελλάδα χόρεψαν παραδοσιακούς χορούς. Ακολούθως ο Οικουμενικός Πατριάρχης εισήλθε στον Ιερό Ναό όπου κλήρος και λαός με πρώτο τον ίδιο έψαλλε με συγκίνηση το «Χριστός Ανέστη». Ακολούθησε ο Αγιασμός και τελέστηκε αρτοκλασία. Έπειτα ο Οικουμενικός Πατριάρχης έψαλλε τρισάγιο υπέρ αναπαύσεως των μακαριστών Μητροπολιτών Διδυμοτείχου Νικηφόρου Αρχαγγελίδη, ο οποίος καταγόταν από τη Μακρά Γέφυρα και Ηρακλείας Φωτίου, στη δικαιοδοσία του οποίου υπαγόταν η μικρή πόλη της επαρχίας της Αδριανουπόλεως, των ιερέων που διακόνησαν στην Μακρά Γέφυρα καθώς και των ειρηνικώς και μαρτυρικώς τελειωθέντων χριστιανών κατοίκων της. Στο τέλος ο Οικουμενικός Πατριάρχης μοίρασε τον άρτο και αναμνηστικές εικόνες σε όλο το εκκλησίασμα.
